主要病变部位为回肠下段集合淋巴结和孤立淋巴滤泡。胃肠炎患者肠道病变明显广泛，多侵入结肠。副伤寒丙肠道病变不明显，肠壁可形成溃疡，但体内其他器官常有局限性化脓病变，可见关节、软骨、胸膜、心包等。

　　这类病毒感染病人起病较急，多伴有上呼吸道症状，常无缓脉、脾大或玫瑰疹，副伤寒病原及血清检查均为阴性，常在1~2周内自愈。

　　斑疹伤寒流行性斑疹伤寒多见冬春，地方性斑疹伤寒多见夏秋。一般发病较急，脉搏较快，有明显头痛。第5~6病日出现皮疹，数量多，可出血性皮疹。外斐反应阳性。治疗后退烧比伤寒快。

　　钩端螺旋体病本病有疫水接触史，临床表现有眼结合膜充血，全身酸痛，尤其是腓肠肌疼痛和压痛，腹股沟淋巴结肿大等;外周血白细胞增多。确诊有赖于相关的病原学及血清学检查。

　　急性病毒性肝炎副伤寒合并中毒性肝炎容易与病毒性肝炎混淆，但前者肝功能损害轻，黄疸者黄疸出现后仍不退烧，有副伤寒的其他特征表现，肝炎病原学和血清学检查均为阳性。

　　布氏杆菌病患者有与病畜(牛、羊、猪)接触或饮用未消毒乳制品的历史。发病缓慢，发热多为波浪形，退烧时伴有出汗，有关节痛或肌痛等症状。病程迁延，易于复发。诊断需有血液或骨髓中的病原菌，布氏杆菌凝集试验阳性。

　　急性粟粒肺结核患者多有结核病史或与结核病患者密切接触的历史。发热不规则，常伴盗汗、脉搏增快、呼吸急促等。发病2周后，线胸片检查显示双肺有弥漫的小粟粒状病灶。

　　少数败血症患者白细胞计数不增加，可与伤寒混淆。败血症多为原发病灶，热型多为不规则，常呈松弛热，伴寒战，无相对缓脉。白细胞总数可减少，但中性粒细胞上升，血液培养可分离病原菌。

　　其他疟疾、恶性组织细胞病、风湿热、变应性亚败血症等，有时需要鉴别。