1.机械清除:当粪便与被褥混合或粪便与尿液分离，处于半干状态时，常采用这种方法。清粪机械包括手动小车、地面轨道车、单轨坦克、牵引铲运机、电动或机动叉车等。为了将粪便与尿液和生产污水分离，通常在畜舍内设置污水排放系统，液体物料通过排水系统流入粪便池储存，固体物料通过人力或机械直接输送到堆场。这种排水系统一般由排尿沟、下水管、地下排水管和粪便池组成。为了方便尿液和水的顺利流动，谷仓的地板应该稍微向排尿沟倾斜。
2.水冲清除:当使用有渗漏的地面而不是垫草时，通常采用这种方法。其优点是省工省时，效率高。缺点是:不方便在漏水的地面下消毒，不利于防止疾病在屋内传播；土木工程复杂；投资大，耗水量高，粪肥储存、管理和处理过程复杂；粪肥处理利用困难；容易造成环境污染。此外，使用漏水的地板和水冲洗来清除粪便，很容易导致房屋内空气湿度增加，地面卫生恶化，有时还会出现恶臭、冷空气回流，甚至房屋之间的空气串通。
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