消毒的目的是消除外界环境传播的病原微生物，切断传播途径，防止疾病传播。养羊场应当建立切实可行的消毒制度，对羊舍的表层土壤、粪便、污水、皮毛(包括用具)应当定期消毒。

　　一、羊舍

　　除了保持羊的干燥、通风、冬暖夏凉外，平时还要做好羊舍的消毒工作。一般分两个步骤进行：第一步先进行机械清扫;第二步用消毒液。羊舍、操场每周消毒一次，整个羊舍用2%-4%氢氧化钠消毒或用1:1800-3000百毒消毒。

　　二、入场

　　养羊场应设有消毒室，消毒室两侧和顶壁装有紫外线灯;地面设消毒池，用麻袋或草垫浸泡4%氢氧化钠溶液。入场人员应换鞋、穿专用工作服并做好登记;场门口设置车辆消毒池，经常喷洒4%氢氧化钠溶液或3%过氧乙酸。消毒方法是将消毒液盛于喷雾器，喷洒天花板、墙壁、地面，然后再开门窗通风，用清水刷洗饲槽、用具，将消毒药味除去。如果羊舍是密封的，屋内没有羊，可以关好门窗，用福尔马林熏蒸消毒12-24小时，然后开窗通风24小时。福尔马林用量为每立方米空间25-50毫升，加入等量的水，加热蒸发。在一般情况下，羊舍消毒每周1次;每年再进行2次大消毒。产房消毒应在产羔前进行一次，产羔高峰期进行几次，产羔后再进行一次;病羊舍和隔离房的出入口处应放置用4%氢氧化钠溶液浸泡过的麻袋片或草席，以避免病原体传播。

　　三、地面

　　土壤表面可用10%漂白粉溶液、4%福尔马林或10%氢氧化钠溶液。停放过芽胞杆菌所致传染病(如炭疽)病羊尸体的场所，应严格加以消毒。先用漂白粉溶液喷洒地面，然后将表层土挖起约30cm，撒上干漂白粉与土混合，适当运出表层土进行掩埋。

　　四、粪便

　　羊粪消毒的方法有很多，最实用的方法是生物热消毒，即在距离羊场100-200米的地方设立一堆粪场，堆放羊粪，喷少量水，用湿泥覆盖，密封严密，堆放发酵30天以上，即可作为肥料使用。

　　五、污水

　　最常用的方法是将污水引入处理池，加入化学药品(如漂白粉或其它氯制剂)进行消毒，用量视污水量而定，一般1升污水用2-5克漂白粉。